MTAG跨表型关联分析 — postgwas

相比metal进行多性状meta分析，MTAG（ multi-trait analysis of GWAS）是一种联合分析不同性状 GWAS 汇总数据的方法，这些GWAS可能来自重叠样本。参考文献：Turley P, et al. Multi-trait analysis of genome-wide association summary statistics using MTAG. Nat Genet. 2018 Feb;50(2):229-237. doi: 10.1038/s41588-017-0009-4.

Usage,

postgwas_mtag(
  gwas_files,
  maf = 0.01,
  n_min = NULL,
  ancestry,
  ld,
  wld,
  keep_str_ambig = T,
  force = F,
  out_path = "./",
  out_prefix = "mtag"
)

参数

gwas_files: 用于执行MTAG跨表型关联分析的GWAS文件，可以是两个或者多个文件。数据中需要包含列名：SNP,effect_allele,other_allele,eaf,beta,se,pval,samplesize,chr,pos
maf: 默认0.01，用于过滤maf<0.01的罕见SNP。也可以设置为其他值。
n_min: 默认NULL，保留 N >= (2/3) * 90th percentile的SNP。也可以设置为其他值。
ancestry: 方式1：使用该参数指定人群则默认使用来自Pan-UKB对应人群的参考文件，可以选择：EUR、AFR、AMR、CSA、EAS、MID。详情请执行查询代码进行查看：?ldscr::ldsc_rg。
ld: 方式2：提供ld和wld参数对应的内容，指定对应人群的参考文件，包括.l2.ldscore.gz文件。
wld: 方式2：提供ld和wld参数对应的内容，指定对应人群的参考文件，包括*.l2.ldscore.gz文件。
keep_str_ambig: 默认T，是否保留链模糊的SNPS
force: 即使平均chi2很小，也要进行MTAG估计，默认F。
out_path: 输出文件的路径
out_prefix: 输出文件的前缀

值

输出结果到文件

Examples

## 方式1，指定ancestry，使用来自pan-ukb对应人群的参考文件
postgwas_mtag(gwas_files = c("./data_prepare/SWB_Full.txt",
"./data_prepare/Neuroticism_Full.txt"),
maf = 0.01,
ancestry="EUR", #使用来自pan-ukb对应人群的参考文件
out_path = "./result_mtag")



## 方式2，指定ld和wld，使用欧洲人群的参考文件
postgwas_mtag(gwas_files = c("./data_prepare/SWB_Full.txt",
"./data_prepare/Neuroticism_Full.txt"),
maf = 0.01,
ld = "E:/mtag-master/ld_ref_panel/eur_w_ld_chr/",
wld = "E:/mtag-master/ld_ref_panel/eur_w_ld_chr/",
out_path = "./result_mtag",
out_prefix = "ld_wld")