准备MR分析的标准输入文件,基于decode蛋白GWAS数据

Usage,
prepare_decode(
  file_path = "",
  snp_annotation_path = "",
  generate_mr = T,
  generate_smr = T,
  out_path = "./"
)

参数

file_path

需要转换成mr分析标准格式的decode来源的蛋白GWAS数据,例15506_34_LRP12_LRP12.txt.gz。可以是一个或者多个,不要修改源文件名。

snp_annotation_path

snp注释文件的路径。由我们提供处理之后的索引文件assocvariants.annotated.index,见语雀文档:《12.数据汇总》。

out_path

输出文件的路径,默认为当前路径。

输出mr标准格式的.txt文件在当前工作文件夹;输出smr标准格式的.ma文件在当前工作文件夹

Examples

# 单个文件预处理
prepare_decode(file_path = "19523_215_PARK7_PARK7.txt.gz",
snp_annotation_path = "assocvariants.annotated.index",
generate_mr = T,
generate_smr = F,
out_path = "./")

# 多个文件预处理
prepare_decode(file_path = c("19523_215_PARK7_PARK7.txt.gz","5900_11_HINT1_HINT1.txt.gz"),
snp_annotation_path = "assocvariants.annotated.index",
generate_mr = T,
generate_smr = F,
out_path = "./")