hyprcoloc多性状共定位-3分析

对hyprcoloc_merge()合并处理之后的数据进行分析，输出结果文件。

Usage,

hyprcoloc_analysis(
  merge_data,
  snpscores = T,
  coloc_plot = T,
  posterior_prob = 0.6,
  coloc_plot_genome = "hg38",
  bfile = "",
  plink_exe = get_plink_exe(),
  coloc_plot_snp = "common_top_snp",
  coloc_plot_width = NULL,
  coloc_plot_height = NULL,
  coloc_plot_dpi = 500,
  out_path = "./",
  out_prefix = "hyprcoloc"
)

参数

merge_data

hyprcoloc_merge() 处理返回的数据

snpscores

是否计算snpscores，默认为T。

coloc_plot

是否绘图，默认为T。

posterior_prob

当进行绘图的时候，需要满足的条件，默认posterior_prob = 0.6，即满足后验概率>0.6，则绘图。

coloc_plot_genome

当 coloc_plot = T的时候，提取坐标轴信息的参考基因组信息，默认是hg38。可以是hg37(或37)或者hg38(或38)。

bfile

提供bfile文件，在作图过程中计算R2。

plink_exe

plink默认内置最新plink即可。

coloc_plot_snp

当 coloc_plot = T的时候，绘图时标注的snp，默认是'common_top_snp',即在两个绘图gwas文件中，满足p值相加最小的一个，即min(p1+p2)对应的rsid。

coloc_plot_width

当 coloc_plot = T的时候，绘图图片的高度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是A4纸的宽度，210mm。

coloc_plot_height

当 coloc_plot = T的时候，绘图图片的宽度，单位是mm。如果未指定(NULL)，默认是：60+60*GWAS数量。

coloc_plot_dpi

绘图图片的像素点，默认是500。一般大于300即可。

out_path

输出文件路径

out_prefix

输出文件前缀

coloc_plot_type

当 coloc_plot = T的时候，坐标轴的类型，默认是log10p。可以是log10p或prob。

Examples

# 方法一，使用hyprcoloc_merge()获取数据。
merge_data <- hyprcoloc_merge(
 prepare_data = prepare_data,
 out_path= "./test/hyprcoloc"
)

# 方法二，读取hyprcoloc_merge()生成的.rds文件。
# merge_data <- readRDS("hyprcoloc_merge_data.rds")

# hyprcoloc_analysis()完成共定位分析
data <- hyprcoloc_analysis(
  merge_data = merge_data,
  coloc_plot = T,
  bfile = "E:/data/1kg.v3/EUR",
  out_path = "./test/hyprcoloc"
)