本地clump数据MR单因素分析 — mr_local

mr_clump()处理之后的数据，与本地结局数据进行MR单因素分析

Usage,

mr_local_clumped(
  local_exp_path = "",
  local_out_path = "",
  out_path = "./",
  out_p = 0,
  index_snp = F,
  find_proxy = T,
  ld_r2 = 0.6,
  ld_kb = 1000,
  ld_nsnp = 5000,
  ld_maf = 0.01,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  bfile = NULL,
  mr_methods = c("mr_wald_ratio", "mr_ivw", "mr_weighted_median", "mr_two_sample_ml",
    "mr_egger_regression")
)

参数

local_exp_path: mr_clump()的输出文件地址
local_out_path: 本地结局数据的地址
out_path: 指定输出文件的地址，默认当前路径，可指定文件夹
out_p: 指定与结局相关的p值的阈值，默认是0。通过该阈值，排除与结局相关的snp。
index_snp: 是否选定index_snp进行MR分析，默认为F。在基因表达或者蛋白表达e/pQTLs的时候，可以选择index-SNP进行后续的MR分析。参考文章：Yuan S, Xu F, Li X, et al. doi:10.1016/j.xcrm.2023.101174
find_proxy: 针对结局中未匹配到的snp，是否寻找代理工具变量，默认是T。
ld_r2: 如果find_proxy=T,代理snp与缺失snp的r2满足的条件，默认是0.6。
ld_kb: 如果find_proxy=T,指定缺失snp的染色体范围，用以找代理snp，默认是1000kb。默认值参考https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ld#r，默认值为1Mb, 只对距离在1Mb之内的SNP位点进行分析。
ld_nsnp: 如果find_proxy=T, ld_nsnp默认值为5000，这个参数限定了一个SNP位点最多和5000个其他的SNP位点进行LD分析。默认值是参考gwasvcf::query_gwas进行设定。
ld_maf: 如果find_proxy=T,代理snp的maf满足的条件，默认是0.01。
plink_exe: plink，默认内置最新plink工具。
bfile: 如果find_proxy=T, bfile指定参考文件的位置，如z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR
mr_methods: mr分析中用到的方法

Examples

 mr_local_clumped(
local_exp_path = "./ukb-ppp-2023-dedup/ukb-ppp-2023-filter/ukb-ppp-2023-5e-08-clumped-10000kb-0.001r2.csv",
out_p = 0,
local_out_path=c("./data/ieu-a-302.txt","./data/ieu-a-7.txt"),
bfile = "z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR",
out_path = "./")