IEU在线数据单因素MR分析 — mr

简单版的mr在线分析,基于ieu数据的结局和暴露，进行MR分析。

Usage,

mr_online(
  ieu_exp_id = "",
  ieu_out_id = "",
  exp_p = 5e-08,
  clump = T,
  clump_kb = 10000,
  clump_r2 = 0.001,
  out_p = 1e-05,
  find_proxy = T,
  rsq = 0.8,
  maf_threshold = 0.1,
  align_alleles = 1,
  palindromes = 1,
  mr_methods = c("mr_wald_ratio", "mr_ivw", "mr_weighted_median", "mr_two_sample_ml",
    "mr_egger_regression"),
  out_path = "./"
)

参数

ieu_exp_id: ieu数据库中暴露的id号，可以是1个或者多个
ieu_out_id: ieu数据库中结局的id号，可以是1个或者多个
exp_p: 指定与暴露相关的p值的阈值，默认是5e-8。通过该阈值，筛选与暴露相关的snp。
clump: 是否对数据进行clump
clump_kb: 如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump()的clump_kb
clump_r2: 如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump()的clump_r2
out_p: 指定与结局相关的p值的阈值，默认是1e-5。通过该阈值，排除与结局相关的snp。
find_proxy: 指定是否寻找代理snp替代，T或者F。
rsq: 最小LD rsq值（如果find_proxy = T）。默认值=0.8
maf_threshold: 尝试将标记等位基因与目标等位基因对齐（如果find_proxy = T）。1=是，0=否。默认值为1。
align_alleles: 允许使用回文SNPs（如果find_proxy = T）。1=是，0=否。默认值为1。
palindromes: MAF阈值，试图推断回文SNPs。1=是，0=否。默认值为1。
mr_methods: mr分析中用到的方法
out_path: 指定输出文件的地址

值

mr分析过程中得到的两个文件，包括: table_s1_harmonise_data.csv,table_s2_mr_results.csv

Examples

mr_online(ieu_exp_id=c("ieu-a-835"),ieu_out_id=c("ieu-a-8"))