本地数据多因素MR分析

基于本地的暴露和结局，完成多因素MR分析

Usage,

mr_local_multiple(
  local_exp_path = c(),
  exp_p = 5e-08,
  clump_method = 1,
  clump_r2 = 0.001,
  clump_kb = 10000,
  local_out_path = c(),
  out_p = 1e-05,
  find_proxy = T,
  ld_r2 = 0.6,
  ld_kb = 1000,
  ld_nsnp = 5000,
  ld_maf = 0.01,
  pval_threshold = 5e-08,
  bfile = NULL,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  out_path = "./"
)

参数

local_exp_path

本地暴露数据，必须是两个及两个以上的暴露。需要是MR分析的标准输入文件

exp_p

指定与暴露相关的p值的阈值，默认是5e-8。通过该阈值，筛选与暴露相关的snp。

clump_method

clump使用方法，默认 1。 1，基于pval；2，基于1/zscore；3，当pval==0使用1/zscore正排序A1，当pval>0使用pval正排序A2，按照A1A2拼接，并给一个分数

clump_r2

ieugwasr::ld_clump()函数中的clump_r2

clump_kb

ieugwasr::ld_clump()函数中的clump_kb

local_out_path

本地结局数据，必须是1个结局。需要是MR分析的标准输入文件

out_p

指定与结局相关的p值的阈值，默认是1e-5。通过该阈值，排除与结局相关的snp。

find_proxy

针对结局中未匹配到的snp，是否寻找代理工具变量，默认是T。

ld_r2

如果find_proxy=T,代理snp与缺失snp的r2满足的条件，默认是0.6。

ld_kb

如果find_proxy=T,指定缺失snp的染色体范围，用以找代理snp，默认是1000kb。 默认值参考https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ld#r，默认值为1Mb, 只对距离在1Mb之内的SNP位点进行分析。

ld_nsnp

如果find_proxy=T, ld_nsnp默认值为5000，这个参数限定了一个SNP位点最多和5000个其他的SNP位点进行LD分析。 默认值是参考gwasvcf::query_gwas进行设定。

ld_maf

如果find_proxy=T,代理snp的maf满足的条件，默认是0.01。

pval_threshold

多因素分析p值的阈值，默认是5e-8。

bfile

bfile指定参考文件的位置

plink_exe

plink，默认内置最新plink工具。

out_path

指定输出文件的地址

值

多因素分析结果文件

Examples

mr_local_multiple(
local_exp_path=c("./data_prepare/ieu-a-2.txt",
                "./data_prepare/15506_34_LRP12_LRP12.txt"),
local_out_path = "./data_prepare/vte_meta.txt",
bfile ="./data/1kg.v3/EUR",
out_path = "./result"
)