mr_local_mediation.Rd基于本地暴露、中介与结局呼叫，完成中介MR分析
mr_local_mediation(
exposure = "",
mediator = "",
outcome = "",
method = 1,
out_path = "./",
out_prefix = "analysis",
exp_p = 5e-08,
out_p = 0,
pval_threshold = 5e-08,
exposure_index_snp = F,
mediator_index_snp = F,
clump = T,
clump_method = 1,
clump_p = 0.99,
clump_kb = 10000,
clump_r2 = 0.01,
bfile = NULL,
find_proxy = T,
plink_exe = get_plink_exe(),
ld_r2 = 0.6,
ld_kb = 1000,
ld_nsnp = 5000,
ld_maf = 0.01,
mr_methods = c("mr_wald_ratio", "mr_ivw", "mr_weighted_median", "mr_two_sample_ml",
"mr_egger_regression")
)本地暴露数据的地址。需要准备成MR分析的标准输入文件。
本地中介数据的地址。需要准备成MR分析的标准输入文件。
本地结局数据的地址。需要准备成MR分析的标准输入文件。
进行中介分析的方法。目前涵盖了3种方法，分别对应1,2,3。 1，两步法中介MR分析，未校正暴露的作用以计算中介与结局的效应（间接效应=暴露与中介 * 中介与结局）， 参考文献：Burgess S, Daniel RM, Butterworth AS, Thompson SG; doi:10.1093/ije/dyu176; Yuan S, Xu F, Zhang H, et al. doi:10.1016/j.jtha.2023.11.013。 2，两步法中介MR分析，校正暴露的作用以计算中介与结局的效应（间接效应=暴露与中介 * 中介与结局） 参考文章：Carter AR, Sanderson E, Hammerton G, et al. doi:10.1007/s10654-021-00757-1。 3，基于多因素MR分析的结果计算中介效应（间接效应=总效应-直接效应），也称差值法， 参考文章：Carter AR, Sanderson E, Hammerton G, et al. doi:10.1007/s10654-021-00757-1
指定输出文件的地址
指定与暴露相关的p值的阈值，默认是5e-8。通过该阈值，筛选与暴露相关的snp。
指定与结局相关的p值的阈值，默认是1e-5。通过该阈值，排除与结局相关的snp。
多因素分析p值的阈值，默认是5e-8。
是否选定index_snp进行MR分析，默认为F。在基因表达或者蛋白表达e/pQTLs的时候，可以选择index-SNP进行后续的MR分析。 参考文章：Yuan S, Xu F, Li X, et al. doi:10.1016/j.xcrm.2023.101174
是否选定index_snp进行MR分析，默认为F。在基因表达或者蛋白表达e/pQTLs的时候，可以选择index-SNP进行后续的MR分析。 参考文章：Yuan S, Xu F, Li X, et al. doi:10.1016/j.xcrm.2023.101174
是否对本地数据进行clump
clump使用方法，默认 1。 1，基于pval；2，基于1/zscore；3，当pval==0使用1/zscore正排序A1，当pval>0使用pval正排序A2，按照A1A2拼接，并给一个分数
如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump的clump_p
如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump的clump_kb
如果clump=T, 同ieugwasr::ld_clump的clump_r2
如果clump=T, bfile指定参考文件的位置
针对结局中未匹配到的snp，是否寻找代理工具变量，默认是T。
plink，默认内置最新plink工具。
如果find_proxy=T,代理snp与缺失snp的r2满足的条件，默认是0.6。
如果find_proxy=T,指定缺失snp的染色体范围，用以找代理snp，默认是1000kb。 默认值参考https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ld#r，默认值为1Mb, 只对距离在1Mb之内的SNP位点进行分析。
如果find_proxy=T, ld_nsnp默认值为5000，这个参数限定了一个SNP位点最多和5000个其他的SNP位点进行LD分析。 默认值是参考gwasvcf::query_gwas进行设定。
如果find_proxy=T,代理snp的maf满足的条件，默认是0.01。
mr分析中用到的方法
中介分析各项结果
mr_local_mediation(
exposure = "./data_prepare/ieu-a-2.txt",
mediator = "./data_prepare/15506_34_LRP12_LRP12.txt" ,
outcome = "./data_prepare/vte_meta.txt",
bfile ="./data/1kg.v3/EUR",
out_path = "./result"
)