提取药靶的工具变量IVs

Usage,

extract_target_ivs(
  gwas_path = "",
  pval = 5e-08,
  target_info = c(),
  up_num = 100 * 1000,
  down_num = 100 * 1000,
  clump = T,
  clump_r2 = 0.001,
  clump_kb = 10000,
  bfile = NULL,
  plink_exe = get_plink_exe(),
  out_path = "./"
)

参数

gwas_path: 用于提取药靶的GWAS数据，需要准备成mr分析的标准输入
pval: 限定药靶IVs的显著性水平。
target_info: 指定用于药靶研究的基因信息，基于Ensembl_GRCh37或者Ensembl_GRCh38获得。
up_num: 指定药靶所在基因区域的上游区域，一般设置为100kb。
down_num: 指定药靶所在基因区域的下游区域,一般设置为100kb。
clump: 是否进行clump处理，T或者F。T表示进行clump处理。
clump_r2: 进行clump时候的r2,同ld_clump()中的clump_r2，默认为0.001。
clump_kb: 进行clump时候的kb,同ld_clump()中的clump_kb，默认为10000。
bfile: 进行clump时候，bfile指定参考文件的位置。参考文件来自1000基因组项目，是二进制的文件，包括以下三个文件：EUR.bed， EUR.bim，EUR.fam。指定路径时，指定前缀即可，如./EUR。
plink_exe: plink，默认内置最新plink工具。
out_path: 指定结果的输出路径

值

提取的药靶数据

Examples

LDL <- c("LDLR","HMGCR","NPC1L1","PCSK9","APOB","ABCG5","ABCG8")
target_info_LDL <- Ensembl_GRCh37[Ensembl_GRCh37$gene_name %in% LDL,]
dat <- extract_target_ivs(gwas_path="./ieu-a-300.txt",target_info = target_info_LDL,clump = F,out_path = "./")