coloc共定位分析的GWAS数据准备

coloc共定位分析的GWAS数据准备

Usage,

coloc_prepare_gwas(
  file_path = "",
  chrompos = "",
  out_path = "./",
  out_prefix = "gwas"
)

参数

file_path

用于共定位分析的gwas_data数据，可以是数量性状的GWAS研究。需要准备成mr分析的标准格式。

chrompos

指定染色体区域，用于提取gwas_data数据的特定区域SNPs数据，如2:26496839-28523684。

out_path

指定输出文件的目录

out_prefix

指定输出文件的前缀,默认为gwas

值

输出共定位分析标准文件

Examples

coloc_prepare_gwas(file_path = "./data/ieu-a-300.txt" ,
chrompos = "2:26496839-28523684",
out_path = "./",
out_prefix = "gwas")