coloc共定位分析的QTLs数据准备，decode来源 — coloc_prepare

在进行qtls-gwas数据共定位分析之前，需要指定特定区域的snp数据用于共定位分析。对于qtls-gwas的共定位分析，一般选取对应顺式qtls。一般选择基因染色体区域上下游1M碱基范围。

Usage,

coloc_prepare_decode(
  file_path = "",
  gene_chr = 1,
  gene_start = 0,
  gene_end = 0,
  up_num = 1e+06,
  down_num = 1e+06,
  out_path = "./",
  out_prefix = "qtls"
)

参数

file_path: 用于共定位分析的QTLs数据，这里需要是decode来源的原始数据，如5223_59_GCKR_GCKR.txt.gz
gene_chr: 指定研究基因的染色体位置
gene_start: 指定研究基因的碱基起始位置
gene_end: 指定研究基因的碱基结束位置
up_num: 指定基因起始位置的上游碱基数量
down_num: 指定基因结束位置的下游碱基数量
out_path: 指定输出文件的目录
out_prefix: 指定输出文件的前缀,默认为qtls

值

输出共定位分析标准文件

Examples

# 获取基因对应的位置（hg38）
temp = Ensembl_GRCh38[Ensembl_GRCh38$gene_name =="GCKR",]

coloc_prepare_decode(file_path= "d:/MR/糖尿病/data/5223_59_GCKR_GCKR.txt.gz",
                     gene_chr = temp$seqnames,
                     gene_start = temp$start,
                     gene_end = temp$end)