GEO来源matrix矩阵预处理，针对芯片数据，获取样本的测序数据，并进行探针注释。

GEO来源matrix矩阵预处理，针对芯片数据，获取样本的测序数据，并进行探针注释。

Usage,

DEG_prepare_GEOmatrix_exp(
  file_path = "",
  file_probeid_col = "ID_REF",
  gpl_path = "",
  gpl_probe_col = "ID",
  gpl_symbol_col = "Gene symbol",
  gpl_sep = "\t",
  out_path = "./"
)

参数

file_path

从GEO网站下载的含有临床信息matrix矩阵路径，例如https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE112nnn/GSE112366/matrix/。

file_probeid_col

在表达数据部分，探针id对应的列名，默认为“ID_REF”。

gpl_path

芯片注释GPL文件的路径。

gpl_probe_col

在GPL文件中，探针列的列名，默认为“ID”。

gpl_symbol_col

在GPL文件中，基因名列的列名，默认为“Gene symbol”。

gpl_sep

在GPL文件中，列的分隔方式，默认是"\t",即tab键分隔。

out_path

输出文件的路径，默认为当前工作路径。