基于多个数据绘制感兴趣基因的箱线图

Usage,

DEG_plot_boxplot(
  data_exp_dir,
  data_meta_dir,
  int_genes,
  group_labels = c("healthy", "disease"),
  method_used = "t.test",
  colours = c("#0072B599", "#E1872799"),
  height_num = 6,
  width_num = 10,
  ncol_num = 5,
  nrow_num = 2,
  out_prefix = "boxplot"
)

参数

data_exp_dir: 表达数据的标准输入
data_meta_dir: 分组数据的标准输入,与表达数据的标准输入一一对应。一定要按照顺序进行对应。
int_genes: 用于绘图的感兴趣基因
group_labels: 用于标记分组的标签。默认是healthy和disease。需要修改的话，根据自己的需要healthy改为aa; disease改为bb
method_used: 用于组间比较的统计检验方法，默认是t.test（两组数据的参数检验）。可以选择wilcox.test（两组数据的非参数检验）。如果是多组比较，"anova"（参数检验)或“kruskal.test”(非参数检验)。
colours: 用于绘图的颜色，可以参考高文文章的配色方案或者自己喜欢的其他配色。
height_num: 用于输出pdf文件的高度
width_num: 用于输出pdf文件的宽度
ncol_num: 用于输出pdf文件中，控制每一张图片的列数
nrow_num: 用于输出pdf文件中，控制每一张图片的行数
out_prefix: 用于输出pdf文件的命令，指定文件的前缀

值

输出绘图的pdf文件

Examples

DEG_plot_boxplot(data_exp_dir = c("array_BT20.txt","array_SUM149.txt"),
data_meta_dir = c( "meta_BT20.txt","meta_SUM149.txt"),
int_genes = c("SVIP","PTPRU"),
group_labels = c("healthy","disease"),
method_used = "t.test",
colours =c("#0072B599","#E1872799"),
height_num = 6,
width_num = 10,
ncol_num = 5,
nrow_num = 2,
out_prefix ="boxplot")