meta分析及森林图 — DEG_meta • DrugTargetMR

meta分析及森林图

Usage,

DEG_meta(
  inputs,
  out_path = "./",
  plot_forest = T,
  int_genes,
  width_num = 6,
  height_num = 4
)

参数

inputs: DEG_RNAseq和DEG_Array分析之后的线性回归的结果，需指定完整文件名。函数说明：使用Linear regression进行差异分析得到的 Estimate和 SE 进行meta分析。使用的方法是随机模型REML。
out_path: meta分析的结果输出地址
plot_forest: 是否绘制感兴趣基因的森林图,可选择T(TRUE)或者F(FALSE)。如果plot_forest=T表示需要绘制感兴趣基因的森林图
int_genes: 在需要绘制对应森林图的前提之下，选择感兴趣的目的基因
width_num: 在需要绘制对应森林图的前提之下，绘制单张图片的宽度
height_num: 在需要绘制对应森林图的前提之下，绘制单张图片的高度

值

输出meta分析的结果；以及感兴趣基因meta分析的森林图。

Examples

DEG_meta(inputs = c("countData(GSE111889)_Linear_regression.csv",
"Exp_array(GSE75214)_Linear_regression.csv") ,
out_path ='./' ,
plot_forest=T,
int_genes=c("STAT3","MUC1"),
width_num=6,height_num=4)