RNAseq数据差异表达 — DEG_RNAseq • DrugTargetMR

基于RNAseq的count数据进行差异表达分析

Usage,

DEG_RNAseq(countdata_path, meta_path, covariate = "group", out_path = "./")

参数

countdata_path: RNAseq的count数据，第一列为基因名（对应列名Gene，后续加入了基因去重操作），列名为样本名
meta_path: 样本对应的临床信息，必须包含的两列：sample_id(与count数据中的样本名匹配);group(disease,healthy)。可增加其他的信息用作线性回归分析中的协变量
covariate: 用作线性回归分析中的协变量
out_path: 指定输出结果所在的文件地址

值

基于RNAseq的count数据进行差异表达分析，输出结果包括edgeR，DESeq2，limma和Linear regression差异分析的结果。

Examples

DEG_RNAseq(countdata_path = "d:/Lyu/data-test/countData(GSE111889).txt",
meta_path="d:/Lyu/data-test/meta(GSE111889).csv",
covariate = c("group","sex"),
out_path = "GSE111889")