芯片数据差异表达分析

基于芯片检测的信号数据进行差异表达分析

Usage,

DEG_Array(arrayExp_path, meta_path, covariate = "group", out_path = "./")

参数

arrayExp_path

芯片信号数据，行名为基因名，列名为样本名

meta_path

样本对应的临床信息，必须包含的两列：sample_id(与count数据中的样本名匹配);group(disease,healthy)。 可增加其他的信息用作线性回归分析中的协变量

covariate

用作线性回归分析中的协变量，必须包含group。可增加其他的信息用作线性回归分析中的协变量

out_path

指定输出结果所在的文件地址

值

基于芯片信号数据进行差异表达分析，输出结果包括limma和Linear regression差异分析的结果。

Examples

DEG_Array(arrayExp_path = "Exp_array(GSE75214).txt",
meta_path = "meta_array(GSE75214).csv",
covariate ="group",out_path = "GSE75214")