eQTLGen 基因表达eQTLs数据进行smr分析(已废弃)

使用eQTLGen血液的数据进行SMR分析,query某一个基因的qtls数据的时候，需要用对应的ensembl id

smr_eQTLGen(
  smr_exe_path = "",
  bfile = "",
  qtls_path = "",
  input_path = "",
  gwas_path = c(),
  out_path = "./",
  out_prefix = "eQTLGen_targets_gwas"
)

参数

smr_exe_path

指定smr-1.3.1-win.exe可执行文件的地址

bfile

指定g1000参考基因组的文件地址

qtls_path

指定qtls文件的地址,qtls_path用来指定提取snp数据的数据源,这里指定为eQTLGen数据。

input_path

smr分析中需要探究的gene.list,gene为ensembl id

gwas_path

smr分析中的gwas文件,xxx.ma,需要提前准备好。结局GWAS文件可以是一个或者多个。

out_path

文件输出路径，默认当前路径

out_prefix

文件输出前缀，默认eQTLGen_targets_gwas

值

返回SMR分析的结果

Examples

smr_eQTLGen(smr_exe_path="E:/smr-1.3.1-win-x86_64/smr-1.3.1-win.exe",
bfile = "z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR",
qtls_path ="E:/smr-1.3.1-win-x86_64/data-SMR/eQTLGen/cis-eQTL-SMR_20191212/cis-eQTLs-full_eQTLGen_AF_incl_nr_formatted_20191212.new.txt_besd-dense" ,
input_path = "./symbol2ensg.list",
gwas_path = c("ieu-a-302.ma","ieu-a-7.ma","GCST90011885_buildGRCh37.ma"),
out_path = "./",
out_prefix ="eQTLGen_targets_gwas" )