GTEx 基因表达eQTLs数据进行smr分析(已废弃)

基于GTEx血液的数据进行SMR分析,query某一个基因的qtls数据的时候，需要用对应的gene symbol

smr_GTEx(
  smr_exe_path = "",
  bfile = "",
  qtls_path = "",
  input_path = "",
  gwas_path = c(),
  out_path = "./",
  out_prefix = "GTEx_blood_targets_gwas"
)

参数

smr_exe_path

指定smr-1.3.1-win.exe可执行文件的地址

bfile

指定g1000参考基因组的文件地址

qtls_path

指定qtls文件的地址,qtls_path用来指定提取snp数据的数据源,来自GTEx的各种组织均可。

input_path

smr分析中需要探究的gene.list,gene为gene symbol

gwas_path

smr分析中的gwas文件,xxx.ma,需要提前准备好。结局GWAS文件可以是一个或者多个。

out_path

文件输出路径，默认当前路径

out_prefix

文件输出前缀，默认GTEx_blood_targets_gwas

值

返回SMR分析的结果

Examples

smr_GTEx(smr_exe_path="E:/smr-1.3.1-win-x86_64/smr-1.3.1-win.exe",
bfile  = "z:/data/G1000/1kg.v3/1kg.v3/EUR",
qtls_path ="E:/smr-1.3.1-win-x86_64/data-SMR/GTEx_V8_cis_eqtl_summary_lite/Whole_Blood.lite" ,
input_path = "./ensg2symbol.list",
gwas_path = c("ieu-a-302.ma","ieu-a-7.ma","GCST90011885_buildGRCh37.ma"),
out_path = "./",
out_prefix ="GTEx_blood_targets_gwas" )